Các nhà Ai Cập học như Wolfgang Helck, Nicolas Grimal, Hermann Alexander Schlögl và Francesco Tiradritti tin rằng Nynetjer đã bỏ mặc cho vương quốc của ông ta phải chịu đựng một bộ máy chính quyền quá phức tạp và Nynetjer sau này quyết định chia đất nước Ai Cập thành hai vương quốc riêng biệt dành cho hai người con trai của ông, với hy vọng rằng việc làm này sẽ giúp hai người con trai của ông cai trị vương quốc tốt hơn[14][15]. Ngược lại, Barbara Bell lại cho rằng một thảm họa về kinh tế như là một nạn đói hoặc hạn hán kéo dài đã ảnh hưởng đến Ai Cập vào giai đoạn này. Và vì thế để giải quyết vấn đề nạn đói, nhà vua đã chia vương quốc thành hai vương quốc riêng biệt và hai vị vua kế vị ông sẽ cai trị hai quốc gia độc lập cho đến khi nạn đói kết thúc. Giả thuyết của Bell căn cứ vào những dòng chữ khắc trên tấm bia đá Palermo, mà theo quan điểm của bà, mực nước lũ sông Nile dưới thời ông trị vị luôn ở mức thấp[16]. Giả thuyết của Bell bị phản bác bởi các nhà Ai Cập học như Stephan Seidlmayer, ông ta chỉ ra rằng mực nước sông Nile luôn ở mức bình thường từ triều đại của Nynetjer cho tới tận thời kỳ Cổ Vương quốc. Bell đã bỏ qua những ghi chép về mực nước lũ đạt đỉnh trên tấm bia đá Palermo mà chỉ căn cứ vào số liệu được đo ở các Nilometer ở khu vực xung quanh Memphis, mà không phải ở các khu vực khác dọc theo con sông[17]. Do đó giả thuyết về một đợt hạn hán kéo dài gần như không thể sảy ra.[18]

Hiện nay các nhà nghiên cứu vẫn chưa chỉ ra được liệu là vị vua kế vị của ông đã cùng cai trị đồng thời với một vị vua khác hay là vương quốc Ai Cập đã bị chia cắt sau khi ông băng hà. Tất cả các danh sách vua như danh sách vua Sakkara, Turin và bảng danh sách Abydos đều ghi lại rằng vua Wadjenes là người đã lên kế vị ông, và tiếp sau đó là một vị vua có tên là Senedj. Tiếp sau Senedji, các bản danh sách vua lại có sự khác biệt. Trong khi bản danh sách vua Sakkara và cuộn giấy cói Turin đề cập đến các vị vua như Neferka (ra) I, Neferkasokar và Hudjefa I thì bản Danh sách Vua Abydos lại bỏ qua họ và chỉ ghi lại tên một vị vua khác là Djadjay (được đồng nhất với vua Khasekhemwy). Nếu thực sự Ai cập đã bị chia cắt, thì có lẽ các vị vua như Sekhemib và Peribsen sẽ cai trị Thượng Ai Cập, trong khi Senedj và những vị vua kế tiếp ông ta, Neferka (ra) và Hudjefa I, sẽ cai trị Hạ Ai Cập. Tình trạng chia cắt này sẽ kết thúc dưới triều đại của vua Khasekhemwy[19].